名門(mén)高中椚椚丘中學(xué)的墊底班級(jí)3年E班，在新一學(xué)年迎來(lái)了一個(gè)奇怪的老師（二宮和也暫無(wú)內(nèi)容配音）。這個(gè)老師長(zhǎng)著圓圓的黃色大腦袋以及黏滑惡心的觸角，原來(lái)他就是不久前將月亮炸成月牙的罪魁禍?zhǔn)?。日本防?wù)省特種部隊(duì)的精英烏間惟臣（椎名桔平暫無(wú)內(nèi)容飾）向?qū)W生們介紹了怪物的情況，他擁有20馬赫的超快速度，人類(lèi)尋常的武器對(duì)他完全不起作用。為了阻止怪物一年后摧毀地球的陰謀，人類(lèi)必須想方設(shè)法除掉他。而怪物自告奮勇愿意出任3年E班的班主任，于是乎手無(wú)縛雞之力的學(xué)生們擔(dān)當(dāng)起刺殺怪物的重任。此后，學(xué)生們接受了烏間的嚴(yán)格培訓(xùn)，而殺手比琪（知英暫無(wú)內(nèi)容飾）、智能機(jī)器人自律思考固定炮臺(tái)（橋本環(huán)奈暫無(wú)內(nèi)容飾）、轉(zhuǎn)學(xué)生堀部系成（加藤清史郎暫無(wú)內(nèi)容飾）以及教官鷹岡明（高島政伸暫無(wú)內(nèi)容飾）等強(qiáng)大對(duì)手也相繼來(lái)到這間暗殺教室內(nèi)，搞怪的“殺老師”將面臨永無(wú)止息的刺殺行動(dòng)……